Будущий режиссер и писатель родился в 1945 году в Одессе. В 16 лет с небольшим он приехал в столицу с целью поступить в кинематографический вуз, что ему удалось сделать с первой же попытки. В 1969 году Михаил Левитин окончил режиссерский факультет ГИТИСа, где учился на курсе Юрия Завадского. Свой дипломный спектакль он поставил в Театре на Таганке. При этом Левитин сразу же заявил о себе как о режиссере, которому есть что сказать зрителям, и быстро приобрел известность в среде театралов. В последующие 10 лет он активно много и плодотворно работал и успел поставить более десятка спектаклей в столице, Ленинграде, Риге и других городах бывшего СССР. Кроме того, он создал Студию буффонады при Курчатовском институте и еще одну, не имевшую постоянной «прописки», куда входили молодые тогда артисты Лия Ахеджакова, Светлана Брагарник, Всеволод Абдулов, Ольга Остроумова, Иван Дыховичный, Альберт Филозов, Михаил Янушкевич и Ольга Широкова.
1978 год стал для Левитина переломным. Его пригласили на работу в московский Театр миниатюр. Он стал вторым домом Левитина на долгие годы вперед. Приход молодого режиссера резко изменил статус и направление этого храма Мельпомены, где стали ставить таких непривычных для того времени авторов, как Юрий Олеша, Исаак Бабель, Михаила Жванецкий, Курт Воннегут, Габриэль Маркес и др. Особенно запомнились зрителю такие новаторские по тем временам постановки, как «Чехонте в Эрмитаже» и «Хармс! Чармс! Шардам! или Школа клоунов». Как режиссер, Михаил Левитин отличился и тем, что первым перенес на театральные подмостки поэтические произведения и прозу обэриутов Александра Введенского, Даниила Хармса и Николая Олейникова. В 1990 году он же инициировал проведение Первого международного фестиваля и научной конференции, посвященной их творчеству. В 1987 году Левитин стал главным режиссером Театра миниатюр, который вскоре был переименован в «Эрмитаж» и стал пользоваться невероятной популярностью.
В конце 70-х Михаил Левитин дебютировал как прозаик. Первым его произведением, представленным на суд читателей, стал рассказ под названием «Итальянское счастье», который был опубликован в газете «Неделя» в 1979 году. В настоящее время Михаил Левитин является автором 16 книг и членом таких авторитетных организаций, как Союз писателей России и Русский ПЕН-клуб. Он неоднократно печатался в журналах «Нева», «Юность», «Октябрь», «Театр», «Знамя» и «Вопросы театра». Его в разные годы номинировали на русскую литературную премю «Букер» за романы «Сплошное неприличие» (1994 г.), «Плутодрама» и «Убийцы – вы дураки» (1995 г.), «Брат и благодетель» (2005 г.). Михаил Левитин известен и как талантливый драматург, и его пьесы «Я снимаю „Крысолова“», «Псих и Мелочевка» и др. входят в репертуар театра «Эрмитаж».
В период с 2011 по 2013 годы на канале «Культура» выходили циклы авторских передач Левитина под названиями «…И другие», «Счастливое поколение», «Под небом театра» и др. Они были посвящены жизни и творчеству известных актеров, драматургов и режиссеров прошлого и настоящего, а также судьбам их наиболее значимых работ.
В 1991 году режиссеру присвоили почетное звание заслуженного деятеля искусств РСФСР, а спустя три года — народного артиста России. Кроме того, в 2006 году Михаил Левитин был награжден Орденом Почета.